تتبع وحدة ضمان الجودة السيد الأستاذ الدكتور عميد الكلية مباشرة ويتألف الهيكل التنظيمي للوحدة من فريقين:
أ. فريق إداري يتألف من مجلس إدارة للوحدة.
ب. فريق تنفيذي يمثل تشكيل اللجان المسؤولة عن إدارة وتنفيذ أنشطة الجودة بالكلية.
المديرون التنفيذين للوحدة منذ انشائها
1- أ.د. إسماعيل مصطفى الشرقاوي (مايو 2007- ديسمبر 2009) أستاذ الفسيولوجيا- قسم علم الحيوان
2- أ.د. رضا حلمي سمور (ديسمبر 2009 – فبراير 2012) أستاذ الوراثة- قسم النبات
3- أ.د. محمد عاطف نوير (فبراير 2012- ديسمبر 2013) أستاذ الجيولوجيا التركيبية-قسم الجيولوجيا
4- أ.د. هدى كمال السيد (أكتوبر 2013- ابريل 2018)
أستاذ الرياضيات – قسم الرياضيات
5- أ.د. محمد محمود حمدي (مايو 2018 حتى الآن) أستاذ الجيوكيمياء ورواسب الخامات- قسم الجيولوجيا